Le Challenge s'organise autour d'un processus de visites sur le terrain et d'une restitution conviviale :
1. Visites par le jury : Un jury composé des membres du Comité de pilotage du PPT Fier-Aravis (et auquel sont conviés la presse locale et les acteurs socio-économiques) se déplace pour rencontrer les alpagistes.
2. Échanges et évaluation : Les jurys, souvent composés de quatre à cinq personnes, visitent en moyenne trois alpages par jour pour passer quelques heures avec l'alpagiste pour découvrir son environnement, son historique et sa manière de fonctionner.
3. Distinctions et restitution : À l’issue des visites, les jurys se concertent pour établir les « coups de cœur » et les points forts de chaque alpage candidat. Ces distinctions sont remises officiellement lors d'un événement convivial de restitution organisé sur le territoire à l’automne.
L’ensemble des alpages candidats et des échanges sont valorisés par la production de vidéos et d'albums photos souvenirs.
Afin de couvrir l’ensemble des plus de 200 unités pastorales du PPT Fier-Aravis, le Challenge Alpages est organisé selon un principe de rotation géographique annuelle.